Trước hết, Nghị định 126 sửa đổi quy định tổ chức, cá nhân trả thu nhập không phát sinh khấu trừ thuế TNCN theo tháng, quý thì vẫn phải khai thuế thay vì không phải khai thuế như trước đây.

Đồng thời, nghị định sửa đổi quy định về cá nhân phải trực tiếp nộp thuế - khó kê khai và không quản lý được, bằng quy định chuyển sang tổ chức khai thuế thay và nộp thuế thay cho cá nhân nhận cổ tức bằng chứng khoán; cá nhân là cổ đông hiện hữu nhận thưởng bằng chứng khoán; cá nhân được ghi nhận phần vốn tăng thêm do lợi tức ghi tăng vốn; cá nhân góp vốn bằng bất động sản, phần vốn góp, chứng khoán. Thời điểm khai thuế thay và nộp thuế thay được thực hiện khi cá nhân phát sinh chuyển nhượng chứng khoán cùng loại, chuyển nhượng vốn, rút vốn.

Cũng tại Nghị định 126, một thay đổi quan trọng nữa là quy định tổ chức hợp tác kinh doanh với cá nhân, thì cá nhân không trực tiếp khai thuế. Tổ chức có trách nhiệm khai thuế giá trị gia tăng đối với toàn bộ doanh thu của hoạt động hợp tác kinh doanh theo quy định của pháp luật về thuế và quản lý thuế của tổ chức mà không phân biệt hình thức phân chia kết quả hợp tác kinh doanh; đồng thời khai thay và nộp thay thuế TNCN cho cá nhân hợp tác kinh doanh.

Trường hợp tổ chức hợp tác kinh doanh với cá nhân là hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh, mà cá nhân có ngành nghề đang hoạt động cùng với ngành nghề hợp tác kinh doanh với tổ chức thì tổ chức và cá nhân tự thực hiện khai thuế tương ứng với kết quả thực tế hợp tác kinh doanh theo quy định.

Liên quan đến kê khai, quyết toán nộp thuế TNCN, Nghị định 126 có nhiều nội dung đổi mới rất phù hợp với thực tiễn phát sinh.